Fran Garagarza llegó al Eibar en 2007 como segundo entrenador de Manix Mandiola, que dirigía al equipo en Segunda B. Al final de la campaña -en la que también coordinaba varios clubes convenidos- pasó a formar parte de la estructura del club para aportar conocimiento en el fútbol base.
Su labor como responsable del fútbol base es reconocida en el club que, viendo la situación económica de la entidad, insiste a Gargarza para que asuma la dirección en la nueva estructura deportiva de la SD Eibar.
A Garagarza, que selecciona a Erik Bretos como uno de sus colaboradores, le acompañan Kike Ormaetxea (secretaría técnica) y Txomin Arkotxa (fútbol base). Se crea una Comisión Deportiva en la que se integran el presidente, Álex Aranzabal, José Mari Arrizabalaga y Germán Albistegi para afrontar una renovación de la plantilla.
“El club reducirá su presupuesto. Es una medida que asumimos al no haberse conseguido el ascenso a Segunda”, dice al llegar al cargo en julio de 2011. Se opta por futbolistas más jóvenes para el nuevo proyecto (en el que ya no están algunos capitanes de la plantilla) con Mandiola de técnico. Pese a que el equipo lo roza, no se consigue el ascenso a Segunda en el playoff.
En verano de 2012, el club busca formar un nuevo proyecto apoyándose en la cantera y, tras llevarse a debate en la comisión deportiva, se apuesta por Gaizka Garitano, que venia del Eibar B y conocía a muchos jugadores que se promocionaron al primer equipo como Ander Capa – traspasado al Athletic posteriormente-.
Un técnico de la casa para afianzar la estrategia de rejuvenecer un equipo que ya había visto promocionar a varios futbolistas del filial dirigidos por Garitano y que habían ofrecido un gran rendimiento en sus primeros minutos en Segunda B.
La dirección deportiva de Garagarza trabaja con aún menor presupuesto y logra modificar el convenio con la Real Sociedad que acepta ceder al club armero a futbolistas que ya no estaban en su estructura de cantera pero que podrían tener minutos (Dani Garcia y Yuri Berchiche) en el Eibar.
Con esos mimbres se afianza el nuevo proyecto. Tras eliminar al Athletic en Copa, se logra el deseado ascenso a Segunda: siendo tercero en su grupo, el Eibar debe superar tres rondas en el playoff ante Alcoyano, Oviedo y Hospitalet para entrar en el fútbol profesional.